DETEKSI GEN TOKSIGENIK DIFTERI MENGGUNAKAN REAL-TIME QUANTITATIVE POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-qPCR) PADA KEJADIAN LUAR BIASA DIFTERI DI JAWA BARAT, INDONESIA

Abstract

Difteri merupakan salah satu penyakit yang menyebabkan adanya Kejadian Luar Biasa (KLB) di Kabupaten Garut, pada bulan Februari 2023. Metode pemeriksaan yang biasa dilakukan di Laboratorium Kesehatan Provinsi Jawa Barat adalah menggunakan kultur difteri, namun metode ini memerlukan waktu yang lama. Penelitian ini dilakukan untuk optimasi metode ekstraksi dan RT-qPCR dalam rangka mendeteksi gen toksigenik difteri pada KLB Difteri di Jawa Barat sebagai metode diagnostik yang lebih cepat. Optimasi metode ekstraksi kultur DNA C. diphtheriae dilakukan dengan beberapa metode, yaitu pemanasan (100°C selama 30 menit), DNA MiniPrep Kit, dan DNeasy Blood and Tissue Kit yang termodifikasi. Hasil optimasi metode ekstraksi kemudian diujikan pada 20 sampel kultur C. diphtheriae dan 4 sampel C. diphtheriae dari apus tenggorokan dengan hasil kultur positif C. diphtheriae untuk membandingkan kesesuaian hasil uji berdasarkan sumber sampel. Selanjutnya, dilakukan pengujian RT-qPCR pada 6 sampel kultur negatif C. diphtheriae untuk mendeteksi gen toksigenik. Berdasarkan hasil RT-qPCR diketahui bahwa nilai cycle threshold (CT) dari berbagai metode ekstraksi relatif sama, sedangkan metode ekstraksi dengan pemanasan menghasilkan konsentrasi DNA tertinggi. Hasil pemeriksaan RT-qPCR menunjukkan 20 sampel kultur teridentifikasi sebagai difteri toksigenik, dan 4 sampel usap tenggorokan yang diuji secara RT-qPCR dan kultur memberikan hasil pemeriksaan positif C. diphtheriae yang sama. Hasil pemeriksaan juga menunjukkan bahwa metode RT-qPCR lebih sensitif daripada metode kultur karena dapat mendeteksi 2 sampel positif C. diphtheriae pada sampel usap tenggorokan dengan hasil kultur negatif C. diphtheriae. Hasil  tersebut menunjukkan bahwa metode RT-qPCR berhasil mendeteksi adanya gen toksigenik difteri dengan hasil pemeriksaan yang sama dengan hasil kultur difteri.   Kata kunci: Corynebacterium diphtheriae; Difteri; Ekstraksi DNA; RT-qPCR Diagnostik